1. 2024-25 시즌
유로 2024 결승까지 뛰었기에 밀란의 미국 투어에는 참여하지 않는다. 밀란에서 유로를 뛰었던 다른 선수들과 같이 훈련을 받게되었다. 새로운 감독 체제, 새로운 팀에서 뛰게 될 모라타로써는 적응하기에 쉬운 상황은 아니다.베를루스코니 컵에서 선발로 뛰며 밀란에서 첫경기를 치렀다. 레앙과 스위칭을 하고 전방 압박도 적극적인 모습을 보였으나 공격 포인트는 만들지 못했다. 팀은 3:1로 승리하며 밀란에서 첫경기만에 우승컵을 들어올렸다.
1R 토리노전에서는 아직 몸상태가 완전하지 않다는 판단 하에 선발에서 빠졌다. 이후 0:2로 끌려가는 상황에서 후반에 교체로 들어왔고 PK를 얻었으나 VAR로 취소되었다. 이후에는 골을 넣었으나 오프사이드로 취소되었다. 결국 라인더스의 슛이 수비를 맞고 모라타에게 오자 정확하게 원터치로 꺾어 리그 데뷔전 데뷔골을 넣었다. 밀란은 최악의 경기력에도 불구하고 경기 막판 터진 오카포의 추가시간 극장골로 2:2 무승부를 거두었다. 짧은 시간이었지만 모라타가 희망이라는 반응이었다.
그러나 갑자기 근육부상이 확인되면서 최소 3주의 회복기간이 필요하다고 한다. 그래서 최소 2경기는 결장할 것으로 보인다.
2R 파르마전에서는 부상임에도 불구하고 원정길을 같이 가 팀을 독려했다. 그럼에도 불구하고 밀란은 승격팀인 파르마에게 2:1로 패하며 밀란 역사상 최악의 스타트라는 말이 나오고 있다.
4R 베네치아전에서는 후반 이른시간 교체로 투입되었다. 타미와 투톱을 형성했고 타미 교체아웃 이후에는 원톱을 소화했다. 이미 승부가 기울어진 상황이라 큰 활약은 없었으나 챔피언스리그를 앞두고 폼을 끌어올리는 투입이었던 것으로 보인다.
챔피언스리그 리버풀전에서는 풀리식에게 공간을 열어주는 패스해주었고 이것이 풀리식의 드리블에 이은 선제골로 이어졌다. 경기 내내 압박을 보여주는 등 고군분투했으나 밀란의 경기력이 완전히 침몰하면서 모라타가 할 수 있는 것도 거의 없었다. 후반 막바지에 오카포와 교체되었다.
5R 인테르와의 데르비 델라 마돈니나에서는 타미와 함께 투톱으로 출전했다. 그러나 실제 경기에서는 공격형 미드필더와 같은 포지션이었으며 중앙에서 볼을 이어주고 좌우로 공을 보내주는 역할까지 해주었다. 경기내내 내려와서 수비가담을 성실히 해내고 찬스도 만들어내는 모습을 보였다. 경기 초반에는 좋은 찬스를 맞았으나 왼발 슛이 선방에 막혔다. 공격 포인트를 적립하지는 못했지만 중앙에서 공을 지켜내고 연결해주고 공중볼에서도 좋은 모습을 보이는 등 다재다능한 모습을 보였다. 하칸 찰하놀루와 자주 부딪혔는데 강한 몸싸움으로 찰하놀루의 기를 눌러놓는 플레이를 보여주어 밀란 팬들의 환호를 이끌어내기도 했다. 후반에 로프터스치크와 교체되었고 경기는 가비아의 극장 결승골로 승리하였다.
6R 레체전에서는 전 경기와 마찬가지로 역시나 타미와 함께 호흡을 맞추었으며, 경기내내 밑으로 내려와 성실히 몸싸움을 해주고 뛰어난 연계 플레이도 보여주었고, 결정적으로 잘 안풀리던 경기를 헤딩골을 통해 막혀있던 혈을 확 뚫어주며 수월하게 경기를 이끄는데 큰 기여를 하였다.
챔피언스리그 레알전에서는 원톱 스트라이커로 선발출장해 세컨볼을 적절한 위치선정으로 집어넣으며 1골을 기록했다.
14R 엠폴리전에서 선제골을 기록했다.
15R 아탈란타전에서 동점골을 기록했으나 팀은 2대 1로 졌다.
20R 칼리아리전에서 선제골을 넣었으나 팀은 1대1로 비겼다.
2025년 1월 이후에는 갈라타사라이 SK와 링크가 돌고있으며, 파브리지오 로마노의 보도에 따르면 이미 회담이 진행되었다고 한다. 현재 밀란이 페예노르트 로테르담의 산티아고 히메네스 영입에 근접한 만큼 이적할 가능성이 높을것으로 보인다. 1월 31일 1년 연장 옵션과 완전이적 옵션이 있는 임대계약으로 갈라타사라이행을 확정지었다.
비록 6개월이었고 올리비에 지루를 대체하긴 살짝 부족했지만 워크에식 있는 모습과 성실한 경기 참여도로 좋은 모습을 보여주려 노력했기에 팬들도 가서 잘 하라는 반응이 대부분. 연계와 전방압박에선 좋은 모습이었으나, 골 결정력과 투박함이 아쉬웠다. 애초에 준주전으로 쓰려고 영입한 것도 있고, 예전같은 지구력이 아닌데도 폰세카가 너무 갈아버려서 폼이 떨어진 것도 없지 않아 있다. 이후 영입된 산티아고 히메네스가 그 자리를 대체하여 좋은 활약을 펼치는 중.